انجمن آمار ایران به منظور تجلیل از جایگاه علمی و فرهنگی دکتر محمدرضا مشکانی جایزه­‌ای به نام ایشان اهدا می‌کند. این جایزه هر سال در مراسم اختتامیه کنفرانس آمار ایران و یا سمینار احتمال و فرایندهای تصادفی، به حداکثر دو نفر از بهترین ارائه­‌کنندگان پوستر و یکی از بهترین سخنرانی­‌ها اهدا می شود.